Em 1595 um grupo de arcuenses, com autorização régia concedida pelo rei Filipe I, levou a cabo a criação da Irmandade da Misericórdia. O trabalho árduo a que se propunham com toda a abnegação, pressupunha o cumprimento dos 14 mandamentos, que eram a base de toda a estrutura das Misericórdias.

O seu principal vector era a assistência aos mais necessitados e desprotegidos, passando não só por satisfazer todas as suas carências físicas, mas também por dar todo o apoio espiritual.

Foram muitos os beneméritos desde o início, que contribuíram com doações, possibilitando a concretização dos intentos da Irmandade, tornando assim possível a aquisição de um terreno onde pudessem construir uma capela, que serviria para acolhimento das almas e funcionaria como base de reunião para os seus membros.

De entre os documentos mais antigos existentes no arquivo da Misericórdia, destaca-se um datado de 1595, onde ficamos a saber que, pelas doações dos irmãos que fizeram parte da primeira mesa, cujo provedor era Francisco Palhares Rocha, bem como por doações feitas por outros arcuenses, foi possível adquirir o terreno pertencente a Francisco Anes, o Carrapiço e sua mulher. Aí foi construída a Igreja, localizada na parte de trás da Casa da Misericórdia, onde funcionava já o albergue e primeiro hospital.

Começaram em 1595 as actividades de assistência aos presos, aos pobres e aos doentes no seu domicílio. Já nesse ano socorreram carenciados de 49 freguesias. Anos depois foi criada a roda dos enjeitados ou expostos.

O Compromisso, pelo qual a Irmandade se regeu inicialmente data de 1 de Janeiro de 1619.