Em 1595 um grupo de arcuenses, com autorização régia concedida pelo rei Filipe I, levou a cabo a criação da Irmandade da Misericórdia. O trabalho árduo a que se propunham com toda a abnegação, pressupunha o cumprimento dos 14 mandamentos, que eram a base de toda a estrutura das Misericórdias.

O seu principal vector era a assistência aos mais necessitados e desprotegidos, passando não só por satisfazer todas as suas carências físicas, mas também por dar todo o apoio espiritual.

Foram muitos os beneméritos desde o início, que contribuíram com doações, possibilitando a concretização dos intentos da Irmandade, tornando assim possível a aquisição de um terreno onde pudessem construir uma capela, que serviria para acolhimento das almas e funcionaria como base de reunião para os seus membros.

De entre os documentos mais antigos existentes no arquivo da Misericórdia, destaca-se um datado de 1595, onde ficamos a saber que, pelas doações dos irmãos que fizeram parte da primeira mesa, cujo provedor era Francisco Palhares Rocha, bem como por doações feitas por outros arcuenses, foi possível adquirir o terreno pertencente a Francisco Anes, o Carrapiço e sua mulher. Aí foi construída a Igreja, localizada na parte de trás da Casa da Misericórdia, onde funcionava já o albergue e primeiro hospital.

Começaram em 1595 as actividades de assistência aos presos, aos pobres e aos doentes no seu domicílio. Já nesse ano socorreram carenciados de 49 freguesias. Anos depois foi criada a roda dos enjeitados ou expostos.

O Compromisso, pelo qual a Irmandade se regeu inicialmente data de 1 de Janeiro de 1619.

Estas acções desenvolveram-se nos séculos seguintes até que, em 1872, surgiu a ideia de construir um hospital, de forma a aumentar a capacidade de internamento. Este foi inaugurado em 19 de Abril de 1885, tendo estado em funcionamento até 1984. Em 1996, foi apresentada uma candidatura ao Programa Integrar para a recuperação do antigo Hospital de S. José, que se encontrava devoluto de 1984. O Centro Comunitário de S. José foi inaugurado em 2000 e entraram em funcionamento as áreas de apoio domiciliário, centro de convívio, formação profissional e programas de desenvolvimento social. Em 2009, o Hospital de S. José retomou as suas funções na área da prestação de cuidados de saúde, com o serviço de imagiologia (TAC, RX, ecografia e mamografia) e as consultas de especialidade e clínica geral.

Na década de 30, foi construído um Lar para idosos, o Lar Soares Pereira que hoje acolhe cerca de 90 idosos. Este edifício foi construído em 1939, em terrenos doados pelo benfeitor José António Soares Pereira, natural da freguesia de Proselo. Em 1980 e 2004 o edifício foi objecto de obras de remodelação.

Em 1935 entraram no Lar Cerqueira Gomes as primeiras crianças. Este edifício destinava-se a albergar crianças do sexo feminino provenientes de diversas localidades do país. A Quinta do Paraíso, onde se localiza este edifício foi doada à Santa Casa da misericórdia pelo benemérito Joaquim Cerqueira Gomes. Este edifício foi objecto de uma requalificação total que terminou em 2006 e entraram em funcionamento mais valências, como sejam as de creche, jardim-de-infância e ATL.

Em 2007 a Igreja da Misericórdia foi objecto de uma recuperação de fundo e foi retomado o culto ao domingo. Em termos culturais, também, têm sido desenvolvidas diversas iniciativas, tais como a publicação de livros, organização de jornadas e a Universidade do Saber, universidade da 3ª idade, que desde 2002 promove sessões culturais, recreativas e de lazer junto de um grupo de mais de 60 pessoas.

Em 2009 entrou em funcionamento o Vilagerações - Centro Social Integrado, localizado na Quinta do Paraíso, com as valências de Cuidados Continuados de longa e média duração, um lar de idosos, as valências sociais que estavam transferidas do Centro Comunitário e os serviços administrativos e financeiros e teve inicio o serviço centralizado de cozinha e lavandaria.