E em 1798 comprou-se a imagem de Nossa Senhora das Dores. Um dos altares laterais do corpo da Igreja, é dedicado a S. António. E “foi feito a expensas de João Bento de Barros e mulher D. Joana Teresa de Costa Lima, residentes em Lisboa, no ano de 1813, em cumprimento d’um voto que fizeram se os franceses fossem expulsos de Lisboa sem porem aquela cidade a saque”.

O Decreto 2/96 de 6 de Março, classifica de "Interesse Público a Igreja da Misericórdia de Arcos de Valdevez, incluindo a biblioteca e o cruzeiro junto à fachada sul no Largo Conselheiro Pinto Osório, na Rua Vaz Guedes e na Rua Amorim Soares, Arcos de Valdevez, da freguesia de Arcos de Valdevez (S. Paio)".

Em 2004 a Igreja foi encerrada ao público porque precisava de grandes e urgentes obras de conservação. Com intervenção do IPPAR as obras realizaram-se de 2006 a 2008.

Em 09/08/2008, com a presença do Presidente da Direcção da União das Misericórdias, do Presidente da Assembeia Geral, de todos os membros da direcção da Santa Casa, dos Presidentes de Junta das freguesias do concelho, do Arcipreste e representantes de todas as Santas Casas do Distrito de Viana, foi a Igreja aberta ao público depois de uma sessão solene, finda a qual foi celebrada a Santa Missa. 

Cronograma

1595 – Criação da Santa Casa da Misericórdia dos Arcos de Valdevez;
1595 – Compra do terreno no lugar do Cruzeiro a Francisco Anes, o Carrapiço
Junho de 1596 – a construção já ia adiantada, encontrando-se o edifício, em parte, já forrado e telhado, com os seus altares construídos, e aguardando a autorização do arcebispo de Braga, para começarem a oficiar;
2 de Julho de 1597 – Reza-se a primeira missa na Igreja da Misericórdia; 
1614 – Inicia-se a construção da Capela da Humildade; 
2 de Julho de 1622 – Reza-se a primeira missa na Capela da Humildade; 
1625 – O Provedor Belchior Aranha de Brito mandou fazer o retábulo novo, pintar o painel do altar grande e as suas grades;
1634 – O provedor António de Magalhães doou um azulejo composto por 960 peças, cujo valor foi de cerca de 190 mil reis. No ano seguinte mandou, à sua custa, colocar o chão de madeira na igreja;
1639 – O Provedor Paio da Rocha doou 40 mil reis para pintar o tecto da igreja;
1639 – Mandou-se fazer um anteparo para a porta principal, o sobrado do coro, os “taburnos dos altares”, dourar o arco, púlpito e “frestas”; 
1644 – O Provedor Francisco de Araújo Vasconcelos mandou fazer o coro e grades; 
1644 – Inicia-se a obra do órgão;
1733 – Fez-se a grande obra de remodelação; 
1734 - Obra do frontespicío e pórtico para a sacristia; 
1735 – Constrói-se no pórtico da Igreja a Capela de Nossa Senhora da Porta com altar para se celebrar missa; 
1742 – Mandou-se lajear o adro;
1747 – Mandou-se arranjar o forro do tecto da capela-mor; 
1748 – O Papa Pio VI concedeu indulgências aos fiéis que assistissem às missas nesta Igreja; 
1748 – Faz-se o novo órgão;
1751 – Mandou-se fazer um cruzeiro novo em frente à igreja, no local em que estava o antigo; 
1757 – Mandou-se realizar a talha de dois retábulos para os altares colaterais, para substituir as tábuas pintadas que lá estavam e fazer um escano em substituição do velho; 
1765 – É feita nova reforma ao órgão; 
1761 – Devido aos estragos do terramoto, fizeram-se obras no “outão”, porque ameaçava ruir;
1772 – O Papa Clemente XIV torna o altar da Capela da Humildade privilegiado perpetuamente; 
1772 – Mandou-se dourar os dois retábulos dos altares colaterais;
1786 – Mandou-se fazer uma tribuna nova no altar-mor de “figura moderna”;
1821 – Obra da bacia do órgão e da varanda do coro; 
1854 – O cruzeiro é transferido para o cemitério;
1995 – Começo das obras de restauro;
2005 – Começo da última fase intervenção de restauro;
2008 – Reabertura da Igreja da Misericórdia.